Außer der Exekutive, der Legislative und der Judikative gibt es zahlreiche spezielle Organisationen mit unabhängigen Zuständigkeiten. Das Verfassungsgericht entscheidet über die Verfassungskonformität der Gesetze, Amtsenthebungsverfahren hochrangiger Beamter und unter Berücksichtigung der Verfassung über die Auflösung politischer Parteien. Das Verfassungsgericht besteht aus insgesamt neun Richtern, von denen jeweils drei vom Staatspräsidenten, von der Nationalversammlung und vom Präsidenten des Obersten Gerichtshofes ernannt werden. Der Präsident des Verfassungsgerichts wird von den neun Richtern mit Zustimmung der Nationalversammlung vom Staatspräsidenten ernannt. Die Nationale Wahlkommission befasst sich mit Angelegenheiten im Zusammenhang mit der fairen Verwaltung von Wahlen und Referenden sowie politischen Parteien und politischen Fonds. Mitglieder der Kommission dürfen keiner Partei angehören und ihre Amtszeit beträgt sechs Jahre. Ihr Vorsitzender wird aus den Reihen der Mitglieder gewählt.

Die Nationale Menschenrechtskommission hat die Aufgabe, Würde und Wert der Menschen zu verwirklichen, indem sie grundlegende Menschenrechte schützt und fördert. Die Kommission wurde im November 2001 gegründet, um dem während des Demokratisierungsprozesses entstandenen Wunsch der Bürger nach Verbesserung der Menschenrechte nachzukommen. Die Kommission schreitet auch ein, wenn ausländische Mitbürgerinnen und Mitbürger, die in Korea leben und arbeiten, diskriminiert oder deren Menschenrechte verletzt werden.